Попов Сергей Борисович родился 27 июня 1962 г. в Иркутске. В 1984 г. окончил Калининградское высшее военно-морское училище. Офицерскую службу начал на Северном флоте (СФ), где прошел путь от командира группы управления (зенитных управляемых ракет) ракетно-артиллерийской боевой части большого противолодочного корабля «Смышленый» до командира тяжёлого атомного ракетного крейсера «Адмирал Ушаков».
После учебы в Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил РФ проходил службу в должности начальника организационно-мобилизационного управления штаба СФ., а с 2010 г. по апрель 2012 г. — в должности командира дивизии ракетных кораблей СФ.
В апреле 2012 г. Указом Президента Российской Федерации назначен на должность командира Балтийской военно-морской базы Балтийского флота (БФ), а в сентябре того же года — на должность заместителя командующего БФ.
Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, имеет 8 других государственных и ведомственных наград. Женат, воспитывает сына.