Она входила в составм вмф Конфедеративных Штатов Америки, построена в 1863 году во время гражданской войны в США на средства частных предпринимателей Хораса Л. Ханли, Джеймса Мак Клинтока и Бакстера Уотсона. Была названа в честь её изобретателя, Хораса Лоусона Ханли, вскоре после ввода её в эксплуатацию под контролем армии Конфедерации в Чарлстоне, штат Южная Каролина. При потоплении вражеского корабля " H. L. Hunley"  не была полностью погружена и погибла вскоре после этой успешной атаки, но, тем не менее, сыграла большую роль в истории военно-морского искусства, продемонстрировав как преимущества, так и опасности подводной войны. Основная часть экипажа спаслась, тела пятерых впоследствии нашли на штатных местах — очевидно, перед смертью они даже не пытались убежать. В течение трех лет ученые экспериментировали с торпедами, аналогичными тем, что были установлены на подлодке. Они выяснили, что члены экипажа погибли мгновенно, когда ударная волна прошла через их мягкие ткани, особенно мозг и легкие. Исследовать сами тела возможным не представлялось — когда подлодка была наконец обнаружена, они уже разложились.  Результаты были опубликованы в журнале PLOS ONE.  Экипаж состоял из восьми человек — офицера-командира и семи матросов-гребцов. Командир находился в носовой части лодки, у штурвала и рычага управления горизонтальными рулями, а матросы сидели на длинной продольной скамье и вращали коленчатый вал, непосредственно подсоединённый к гребному винту. Члены экипажа набирались из добровольцев, и, несмотря на опасности и неоднократные аварии с человеческими жертвами, желающих служить на лодке было достаточно.

 В воде ударные волны движутся не так, как в воздухе, объясняют исследователи. Значительное замедление привело к тому, что экипаж подвергался их действию не менее 60 миллисекунд, в то время как на суше воздействие продлилось бы около 10 миллисекунд. Волна, вероятно, разорвала ткани легких, вызвав сильное кровотечение.

Ранее предполагалось, что лодка затонула из-за механических повреждений, полученных при взрыве, а экипаж погиб из-за нехватки кислорода.

Долгое время место гибели «Ханли» оставалось неизвестным, небольшая субмарина была оценена в 40 миллионов долларов. Первым об обнаружении остова заявил в 1970 году Эдвард Ли Спенс. В 1995 году лодку обнаружил Ральф Уилбанкс, оспоривший затем первенство Спенса. Споры о том, кто действительно нашёл лодку, не стихают до сих пор.

«Ханли» была найдена неподалёку от места потопления «Хаусатоника». Лодка была занесена илом, что позволило ей сохраниться в достаточно хорошем состоянии. По информации на 2015 год лодка отреставрирована и экспонируется в реставрационном центре Уоррена Лаша, город Норт-Чарлстон, штат Южная Каролина.